Il Capanne, rappresentando un massiccio montuoso seppur di modeste dimensioni se paragonato ai non lontani rilievi della Corsica, costituisce climaticamente un'isola nell'isola. Il monte riesce ad ostacolare il transito dei corpi nuvolosi che provengono da nord, accumulando sul suo settore settentrionale una buona quantità di precipitazioni. Ed è infatti sui fianchi del Monte Capanne che si registrano le maggiori piovosità, soprattutto sul versante settentrionale del complesso montano dove si raggiungono valori medi annui di circa 950 mm di pioggia.

Questo fenomeno ha permesso lo sviluppo di corsi d'acqua, al giorno d'oggi ad evidente regime stagionale, che nei millenni hanno inciso profondamente i fianchi del rilievo, creando particolari habitat freschi e umidi. Il letto della vallata è in genere ben caratterizzato dalla presenza dell'ontano nero (Alnus glutinosa), pianta arborea alta fino a 25 metri che ama i terreni umidi, creando delle formazioni riparie, piccoli alneti lineari, che nella bella stagione con la loro ombra contribuiscono a mantenere un microclima fresco lungo i fossi. Gli ontani dalla fioritura caratterizzata da amenti penduli che compaiono prima delle foglie tra febbraio e aprile spesso sono avvolti dalle liane della vitalba (Clematis vitalba), robusta specie rampicante.

Ancora nelle vallate umide tra le specie arboree sono i salici (Salix sp.), anche se meno frequenti degli ontani. Lungo i corsi d'acqua abbondano le felci (Dryopteris sp.), tra le quali merita una speciale menzione la felce florida (Osmunda regalis) importante relitto termofilo dell'era terziaria, ancora discretamente diffusa all'Elba soprattutto sui fianchi settentrionali del Capanne e sempre più rara sul continente. Le vaschette che si creano lungo le gole possono ospitare altre specie amanti dell'umidità quali il sedano d'acqua (Apium nodiflorum), sull'Elba conosciuto col nome vernacolare di gargalastro, la lenticchia d'acqua (Lemna minor) e alcune specie di menta (Mentha sp.) che con la loro profumata fioritura richiamano decine di lepidotteri e altri insetti impollinatori.